A、基因重组有两种，一种发生在减数第一次分裂的前期，同源染色体的非姐妹染色单体之间的交叉互换；另一种发生在减数第一次分裂的后期，同源染色体分离，非同源染色体自由组合，非同源染色体上的非等位基因自由组合，只有有性生殖过程中才能发生基因重组，A正确；
B、基因重组，基因突变，染色体变异产生的变异能为生物进化提供原材料，B正确；
C、非同源染色体上的非等位基因在减数第一次分裂后期发生了基因重组，C错误；
D、在减数第一次分裂的前期，同源染色体的非姐妹染色单体之间的发生了交叉互换，故发生了基因重组，D正确。
故答案为：C。

江苏省如皋市2020-2021学年高一下学期生物第三次调研考试试卷（必）